鉄筋コンクリート製の高床式一階建（１部２階建）で、建物全体は前方後方墳の形を模しています。 屋上は展望台となっており、意宇平野、茶臼山、天候が良ければ大山も見ることができます。また「額田部臣」の銘文入り大刀が出土した岡田山１号墳（石室内部を見学可能）や風土記植物園もあります。

館内展示室には風土記の丘地内の出土品や出雲国風土記写本などが展示してあります。なかでも「見返りの鹿」埴輪や「額田部臣」の銘文入り大刀は重要文化財で全国的にも著名なものです。また企画展も定期的に開催しています。

風土記植物園では『出雲国風土記』由来の植物を約80種育てています。フナバラソウなどの貴重な植物も含まれた、全国唯一のコレクションです。 そのほか、エリア内には竪穴式住居、掘立柱建物、中世土居といった復元施設があります。